阿那克萨哥拉以“精神”（Nous）的概念解释自然变化，“精神”超然独立，纯净无瑕，引发变化。他发展了色诺芬尼的见解，后着声称神的心灵是形成秩序的主因。太初的混沌分成冷的迷雾和暖的以太，冷雾形成水、木、石等。生命的“种子”由水载送至地，动物从湿暖的泥土中长出来。

        阿那克萨哥拉认为，自然界有热和冷、湿和干、白和黑等不同的“质”，每一件物件，都含有各种不同的“质”，按不同比例混和，就是雪也有少许的“黑”；何种“质”占有优势，决定物件的性质，例如比较一棵树和一座灯柱，火要更为热些、干些。变化就是各种“质”比例的变更。物件并无所谓“生成和消灭”，实际上只有结合和分解。时空是无限可分的，万物也可以无限地分割。

        天文学方面，阿那克萨哥拉主张机械宇宙论，了解到离心力，指出天体是借助其循环运动的速度，悬浮在空中的石头，否定天体是神的信仰。他发现太阳和星星都是赤热的石块，星星只因太遥远，热力不能传到地面；他又发现月亮是土，比太阳接近地面，上面有山岳，本身无光，月光是由太阳而来。

        在解剖学方面，他对动物进行解剖，对大脑的解剖结构有一定认识，并且发现鱼用鳃呼吸。