托马斯·阿奎那出生于意大利南部的贵族家庭，母亲一脉可以溯源到神圣罗马帝国的霍亨斯陶芬王朝。他大约在1225年初，出生于那不勒斯王国的罗卡塞卡，该地的领主正是其父兰道夫伯爵。他的叔叔西尼巴尔德，是附近卡西诺山本笃会修道院的院长。于是伯爵一家寄望托马斯长大后能侄承叔业。在当时，这也是贵族子弟出人头地的常见途径。

        阿奎那在五岁时进入进修院学习，十六岁时于那不勒斯大学，学习了六年时间。期间，他出乎意料地加入了道明会，该会和方济会共同对欧洲中世纪早期建立的神职阶层发起了革命性的挑战。阿奎那的这一转变令其家族感到不悦；在去罗马的路途中，阿奎那被他的几个兄弟逮住、押送回圣齐奥瓦尼城堡，并在那里监禁了一两年，以迫使他放弃自己的志向。根据最早有关阿奎那的传记的记载，他的家人甚至安排娼妓去诱惑他，但他不为所动。在教宗意诺增爵四世的干预下，最后其家庭还是妥协了。十七岁时，他终于穿上了多明我会会服。

        他的师长看出阿奎那在神学上天赋秉异，1244年便送他去科隆的多明我神学院，师从大阿尔伯特学习哲学和神学。1245年，他跟随大阿尔伯特去巴黎大学三年。在这段期间阿奎那也卷入了大学与天主教修士之间有关教学自由的纠纷，阿奎那主动抵制大学提供的演讲和小册子。当教宗获知这起争议时，多明我会挑选了阿奎那作为辩护者。阿奎那在辩论中大获全胜，击败了当时相当知名的大学校长圣阿穆尔的论点。

        阿奎那接着取得了神学的学士学位。在1248年他返回科隆担任讲师，这一年是他的著述和公务生涯的开端。与哲学家大阿尔伯特的共事经历对他后来的发展产生了重要影响，将他造就成睿智的学者，并终身跟从亚里士多德的哲学方法论。