在《神学大全》里，阿奎那也讨论到了耶稣基督，他首先讲述了圣经里亚当和厄娃的故事，并且描述人类原罪的负面结果。耶稣基督化身的目的是为了恢复人类的本质，协助人类移除他们身上“原罪的污染”。“神圣的智慧认为天主应该化身为人，以这个单一而相同的化身改变人们并且提供救赎。”

阿奎那也批评了当时许多对耶稣基督抱持不同观点的历史神学家。在回复阜提努时，阿奎那指出耶稣是真的出自神授的，而不只是一个凡人。另一个异端学说领袖聂斯脱里认为天主只不过是寄居了耶稣的肉身，阿奎那则回复道天主的完整乃是耶稣的存在所不可或缺的一部分。不过，阿奎那也曾主张耶稣具有一个真正的（理性的）人类灵魂。这个说法使得耶稣有了双重的本质，也使阿奎那与阿利乌的理论产生矛盾。阿奎那也反驳了欧迪奇所提出的双重本质在化身耶稣结束后依然存在的主张。阿奎那认为这两个本质是同时存在的，但在同一个人类躯体里却是可以清楚辨别的，这个说法也与摩尼等人的理论产生差异。

简而言之，“基督有一个与我们相同本质的真实躯体、一个真实的理性灵魂，但除此之外还多出了完美的神性。”也因此，耶稣基督是统一的（三位一体）、但也可以是多重的（两个本质、肉身和神性的理论）。