赫拉克利特的理论以毕达哥拉斯的学说为基础。他借用毕达哥拉斯“和谐”的概念，认为在对立与冲突的背后有某种程度的和谐，而协调本身并不是引人注目的。他认为冲突使世界充满生气。他的主要的思想有：

永恒的活火
        “这个有秩序的宇宙(Cosmos)对万物都是相同的，它既不是神也不是人所创造的，它过去、现在和将来永远是一团永恒的活火（ever-living fire），按一定尺度燃烧，一定尺度熄灭。”
        赫拉克利特主张火与万物可以相互转化，但并未说明转化是如何进行的。这体现了他哲学上晦涩难懂和神秘主义的特点。他认为火的燃烧中有一定的尺度和逻各斯的思想。
        原因：火是诸元素中最精致，并且是最接近于没有形体的东西；更重要的是，火既是运动的，又是能使别的事物运动。
        赫拉克利特认为万物的本原是火，说宇宙是永恒的活火，他的基本出发点是：这个有秩序的宇宙既不是神也不是人所创造的。宇宙本身是它自己的创造者，宇宙的秩序都是由它自身的逻各斯所规定的。这是赫拉克利特学说的本质，它是米利都学派的朴素唯物论思想的继承和深入的发展。

逻各斯
        赫拉克利特认为万物是永远变动的，而这种变动是按照一定的尺度和规律进行的。这就是他的逻各斯学说，是他的辩证法思想的第二个方面。
        万物的运动，无论是火的燃烧和熄灭以及万物的生成和互相转化都是按照一定的逻各斯进行的；这种逻各斯主要就是一种尺度、大小、分寸，即数量上的比例关系。这种尺度当然也是一种规律，但它和通常说的一般规律还有点不同，即尺度还只是一种主要表现为数量上的一定的比例和关系，而一般规律却不仅表现在数量方面也可以表现在其他方面。从抽象的程度说，一般规律高于尺度。人的认识发展是从具体到一般的，先从具体的事物中发现比较一般的东西，然后再深入到更为一般的东西。所以，发现尺度是发现一般规律的前一步，从认识尺度再前进一步就可以认识一般规律。赫拉克利特提出的逻各斯正是处在人类认识发展的这个阶段——认识尺度、比例上。

对立统一
        原始的统一是不断地活动和变化的，永不停止。它的创造是毁灭，毁灭是创造。一种东西变成另外一种东西，比如火变成水，火就消失在新的存在形式中。每一种东西都这样变成它的对立面，因此每一种东西都是对立性质的统一。没有什么东西的性质不变，没有什么东西具有永恒的性质。从这一意义来看，每一种东西既存在，又不存在。有这种对立，才能有世界。比如，音乐中的和谐就产生于高低音调的结合。
        世界为斗争所支配。赫拉克利特说，“战争是万有之父和万有之王”。如果没有斗争和对立，世界就会消亡——停滞或者毁灭。对立和矛盾统一起来才能产生和谐。“生与死，梦与醒、少与老，是同样的东西。后者变化，就成为前者，前者便回来，则称为后者。”
        然而，在对立的关联之中，并不全是属于冲突，亦可能是相互依存、转化、分别。　而此物与彼物之间的对立外，也与其他的存有有对立的关联，亦即对立不代表只是两两相互的关联，而是一切万有之间都存在的关联，包含了个体关系以及大到群体集合间的关系。