牛顿反对将宇宙解释为一部纯粹的机器，譬如一座大钟。他说：“引力解释了行星的运动，但却不能解释谁让行星运动起来的。上帝统治万物，知晓所有做过和能做的事。”

        牛顿在《圣经》与早期教会父老上的研究也值得注意。牛顿写作了一些圣经批判的作品，最著名的就是《两处著名圣经讹误的历史变迁》。牛顿还摆放了一座与传说日期公元33年4月3日相符 的耶稣·基督受难像。他亦尝试，但未成功地，去寻找《圣经》中隐藏的消息（参看圣经密码）。

        牛顿可能拒绝了教会的三位一体教义。在少数的观点里，T·C·普菲岑迈尔（T.C. Pfizenmaier）认为他更像是持有东方东正教三位一体观，而不是西方天主教、圣公宗和大部分新教教派的观点。 在他的时代里，牛顿（与不少活跃于皇家学会和查理二世宫廷的人士一样）被指是玫瑰十字会的会员。

        在他的一生中，牛顿写作了比自然科学更多的宗教学著述。他相信一个理性的主观世界（immanent world），但他却拒绝莱布尼茨和巴鲁赫·斯宾诺莎深信的万物有生论。因此，有序且动态的（ordered and dynamically informed）宇宙可以被理解，而且必须以主动的理性（active reason）去理解，但是这个完美且注定中的宇宙，必须有规律地运行。牛顿坚持认为，由于不稳定性的累积和缓慢增长，必须有神的不断干预来改良宇宙这个系统。为此，莱布尼茨讽刺牛顿说：“神必须时不时地给他造的钟上发条，否则这个钟就会停摆。看起来，他没有能力让这个钟永远运行。”

        德国哲学家黑格尔批评牛顿的光学是“粗野的反思方式”，但黑格尔武断的自然哲学观点也使黑格尔的哲学体系在科学界名誉扫地

宗教思想

        牛顿与罗伯特·波义耳的机械论学说被理性主义作者提升成了泛神论和狂热论的一个可行替代选项，并为东正教传教士与宗教自由主义一类的异见传教士有保留地接受了。这样，科学的清晰简洁，使得无论是在迷信者还是无神论者中，均无人可以企及，亦无人可以驳斥之。而与之同时，英国自然神论者的第二波浪潮使用了牛顿的发现来论证“自然宗教”的可能性。

        波义耳的机械论宇宙观给出了不利于启蒙时代前的“魔法思想”和基督教神秘元素存在基础的抨击。牛顿通过数学证明的方式完善了波义耳的思想，并且，也许更重要的一点是，它们的普及也是非常成功的。 打比方说，如果原来的世界是干涉主义的上帝所统治之世界的话，那么牛顿就将它变成了用理性及普遍原理进行设计的上帝所创造之世界。 这些原理让每个人都能去获取知识，让每个人都能在此生此世积极地追求自身目标，并让每个人都能用自身的理性力量来完善自我。

        牛顿视上帝为造物者，因此认为在面对着所有生物之宏伟时，祂的存在便是不容否认的。 但他的上帝观产生了无法预见的神学结果，如同莱布尼茨指出的那样，上帝现在已经完全地从世界事务中隐退了：对干涉的需要只会证明上帝作品中的一些瑕疵，而这对一个完美且全能的造物主来说是不可能的事。 莱布尼茨的神正论（theodicy）将上帝与参与祂的创造物的行为中分离开，从而消除了上帝在“罪恶问题”中承担的责任。于是，对世界的理解便降低到了个体原因的水平，而人类，如同奥多·马夸德所认识的那样，应为修正和消灭罪恶承担责任。

        从另一方面说，宗教自由主义和牛顿学说的思想对千禧年主义的产生具有深远的影响。千禧年主义是一个相信机械论宇宙观的宗教派别，但其在实际上与狂热论和神秘论如出一辙。启蒙运动为了消灭它而与之进行了艰苦的斗争。

世界末日的观点

        在1704年的一本手稿中，牛顿描述了他试图从《圣经》中提取出科学的信息，据他估计，世界将不会在2060年前终结。在预言中他说道：“我提到的这点并没有断言终结的时间，而是为那些频繁预测终结时间的空想者们轻率的臆说画上句号，每当他们的预言失败时，便给神圣的预言带来了耻辱。”