前338年，秦孝公病危，《战国策》记载秦孝公想传位于商鞅，商鞅推辞不接受。赵良警告的五个月后，秦孝公去世，其子秦惠文君继位。商鞅想要告老退休，有人向秦惠文君说：“大臣功高盖主就会危害国家社稷，对身边的人过于亲近就会惹来杀身之祸。现如今秦国的男女老幼只知道商鞅的新法，而不知道君上您。况且君上您与商鞅有仇，愿君上早下决断。”公子虔等人也告发商鞅谋反，秦惠文君于是派人捉拿商鞅。商鞅逃至边关，晚上想住宿旅店，因未带身份证件，店主不知道是商鞅本人，害怕新法连坐而不敢留宿。商鞅感叹道：“制定的法律竟然遗害到了这种地步！” 这就是成语“作法自毙”的来历。

        商鞅带领亲属及手下随从逃亡至魏国，魏将穰疵怨恨商鞅用欺骗的手段俘虏公子卬、击败魏军，将其驱逐回秦国。商鞅回秦后被迫潜回封地，发动邑兵攻打郑县（今陕西省华县）。秦惠文君派兵攻打，商鞅战败死于彤地其尸身被带回咸阳，处以车裂后示众。秦惠文君同时下令诛灭商鞅全族。商鞅死后，他所推行的新法并没有被废除，而是一直影响着秦国乃至以后的秦朝。