人性刻薄
        司马迁对商鞅评价不高，他认为商鞅用肤浅的帝王之术取悦秦孝公、通过秦孝公的宠臣景监走门路这些不光彩手段获得重用后，在秦国国内采用近乎“暴力”的手段进行快速改革、处罚公子虔、欺骗公子卬、不听赵良的劝告，这些足以证明他是个刻薄少恩的人。

加剧贫富悬殊
        董仲舒批评说：商鞅废除井田，导致“富者田连仟伯，贫者亡立锥之地”。班固认为商鞅变法加剧了百姓的贫富悬殊以及诸侯国之间相互兼并，严重地影响了社会的安定。班固还批评商鞅鼓励发动战争，致使横尸遍野、生灵涂炭。

滥用酷刑
        商鞅变法时所设的连坐之法，增加肉刑、大辟，有凿顶、抽肋、镬烹之刑。商鞅执法严酷，曾在渭河边一日处决囚犯七百人，河水因此变红，号哭之声惊天动地。商鞅严格执法、滥用酷刑的行为招致普遍的怨恨，汉昭帝时的贤良文学也认为商鞅的严酷刑法是造成秦朝快速灭亡的重要原因，《旧唐书》甚至将商鞅称为酷吏。

愚民政策
        记录商鞅言行的《商君书》作为一部法家学派作品，其中充斥着大量愚民政策以及法家士子为帝王稳固政权，剥夺百姓人权的观点。例如：《商君书》中认为国家与人民是矛盾的关系。人民强大，则国家虚弱。所以想要国家强大，则必须削弱人民。能够战胜强敌、称霸天下的国家，必须制服本国的人民。只有使人民愚昧无知、朴实忠厚，人民才不易结成强大的力量来对抗国家和君主，这样国家才会容易治理，君主的地位才会牢固。《商君书》中认为人性本恶，必须承认人之恶性，治理国家要以恶治善才能使国家强大。《商君书》中主张重刑轻赏，他认为加重刑罚，减少奖赏，是君主爱护民众，民众就会拼命争夺奖赏；增加奖赏，减轻刑罚，是君主不爱护民众，民众就不会为奖赏而拼死奋斗。

贬斥儒家学说
        商鞅贬斥儒家学说，将儒家所推崇的礼乐、诗书、孝悌、修善、诚信、贞廉、仁义、非兵、羞战贬斥为六虱，认为国家必须去除六虱才能强大。[145]西汉以来的儒生对于商鞅使用严酷刑罚改变民风民俗、败坏道德的行为多有非议。贾谊评价商鞅：商君违礼义，弃伦理，并心于进取，行之二岁，秦俗日败。汉昭帝时的贤良文学批判商鞅：商鞅弃道而用权，废德而任力，峭法盛刑，以虐戾为俗，欺旧交以为功，刑公族以立威，无恩于百姓，无信于诸侯，人与之为怨，家与之为仇。[120]商鞅反圣人之道，变乱秦俗，其后政耗乱而不能治，流失而不可复。唐代的赵蕤评价商鞅：夫商鞅、申、韩之徒，贵尚谲诈，务行苛刻。废礼义之教，任刑名之数，不师古，始败俗伤化。此则伊尹、周召之罪人也。朱熹批评：“他（商鞅）欲致富强而已，无教化仁爱之本，所以为可罪也。”