身为雅典的公民，据记载苏格拉底最后被雅典法庭以不虔诚和腐蚀雅典青年思想之罪名（原因是不相信神）判处死刑。尽管他曾获得逃亡离开雅典的机会，但苏格拉底仍选择饮下毒堇汁而死，因为他认为逃亡只会进一步破坏雅典法律的权威，同时也是因为担心他逃亡后雅典将再没有好的导师可以教育人们了。

        苏格拉底的一生开始于伯里克利统治的雅典黄金时期，结束于雅典的衰落时期（伯罗奔尼撒战争结束后的三十人僭主集团倒台后的时期）。当时雅典正试图稳定局面并消除战败的羞耻感，在三名雅典政治人物的劝诱下，雅典的法庭以不虔诚和腐蚀雅典青年思想之罪名审判苏格拉底。当时希腊人的文化把天神和女神视为是保卫城邦的重要角色（举例而言，雅典便是以其保护神雅典娜为名）。雅典在伯罗奔尼撒战争中的战败被人解释为是雅典娜对雅典市不敬神的惩罚，而补救的办法就是惩罚那些质疑雅典娜或其他天神的人。在《申辩篇》里苏格拉底坚持这次审判是完全错误的。

        依据柏拉图《申辩篇》里所记载的审判记载，苏格拉底的“罪行”开始于他的朋友凯勒丰在德尔斐的神谕处询问是否有人比苏格拉底更聪明；神谕处的回答则是否定的。苏格拉底解释这个答案是另一个谜题—要他开始寻找比他更聪明的人。他质问雅典的人们有关他们对于至善、美丽、和美德的看法，发现他们虽然自以为知道很多，实则根本一无所知。苏格拉底于是总结道：他比其他人聪明的地方仅只在于他承认到他什么也不知道。苏格拉底的智慧使得当时那些被他质疑愚蠢的雅典政治人物转而对付他，导致了这场不敬神的审判。

        苏格拉底最后被判有罪，并被判处死刑。苏格拉底拒绝了他的学生们试图安排他逃跑的计划，饮下毒堇汁而死。依据《斐多篇》记载，苏格拉底死时相当平静，坚忍地接受了他的判决。

        依据色诺芬和柏拉图的记载，苏格拉底原本有机会逃跑，他的学生们已经准备好贿赂监狱守卫，在逃跑后苏格拉底将会逃离雅典。在名画“苏格拉底之死”中，苏格拉底的床下有一块地砖，描绘的可能就是逃跑的计划之一。如同苏格拉底与克力同的对话所显示的，苏格拉底拒绝逃跑的原因是因为他了解到他必须遵守这个城邦的法律，服从这个城邦的公民和法官、以及陪审团所审判的结果。否则他便会违反他与这个城邦的“契约”，而这样做是违背了苏格拉底所提倡的原则的。