王守仁一生最大的军事功绩，是平定南昌的宁王宸濠之乱。王守仁将去福建剿匪时，所率部队行军刚到丰城，宁王朱宸濠突然举事。因此王守仁积极备战，调配军粮，修治器械，然后发出讨贼檄文，公布宁王的罪状，要求各地起兵勤王。

当时，王守仁最为担心者，就是宁王挥师东下，占领故都南京金陵。如果南京失守，宁王就有了称帝的资本，同时也占了地利，那就不容易消灭了。王守仁虚张声势，利用假宣传假情报，扰乱宁王的视线，逼他做出错误的判断，以为各路大军已经组成合围态势。同时使用反间计，使宁王猜疑自己部下的进攻南京策略。宁王果然上当，有半个月时间犹豫观望、不知所措，没敢发兵攻打南京。王守仁利用这一时机，做好了防守南京的准备，使宁王欲攻南京，已无可能。

七月，宁王率六万士卒，攻下九江、南康，渡长江攻安庆。王守仁这时已经调集了八万大军，对外号称三十万。有人指出应该急救安庆，王守仁说：“现在九江、南康已经被敌军占领，如果我们越过南昌跨江救援安庆，就会腹背受敌。现在南昌空虚，我军锐气正盛，可以一举攻破。敌军听说南昌失守，定会回师来救，这时我们在鄱阳湖迎击他，肯定能取得胜利。”

南昌很快攻破，停了两日，王守仁便派诸将分五路迎击回援南昌的宁王大军。四路分兵迎进，一路设伏。交战以后，宁王大军很快腹背受敌，被分割成几部分，后又中了埋伏，惨遭大败，溃逃退守八字脑地区。宁王眼观局势不妙，急忙调九江、南康的精锐部队出击，王守仁派几路大军迎战并取南康。

这一仗打得相当激烈，是关键的一战。官军一度退却，王守仁部将吉安知府伍文定立即斩杀了后退之人，命令诸军一决死战。最后终于打败了宁王军，宁王军退保樵舍地区，将大船结成方阵，宁王拿出金银珠宝犒赏将士，要求他们死力一搏。

但宁王军的方阵被王守仁看出破绽，他决定仿效鄱阳湖之战，放火烧船。第二天，宁王群臣聚集在一起，正在船上召开“早朝”会议，王守仁大军杀到，用小船装草，迎风纵火，烧毁了宁王的副船，王妃娄氏以下的宫人以及文武官员们纷纷跳水自杀。宁王的大船搁浅，不能行动，仓促间换乘小船逃命，被王阳明的部下王冕部追上擒获，宁王的其它文武大臣也成了阶下囚。不久，南康、九江也被官军攻陷，宁王之乱全面平息，前后不到三十五天时间。王守仁因此，后世有人尊称“大明军神” 。至于在明朝当时，王守仁依军功只封为伯爵，后来追封侯爵，是比不过明代开国将领的，更不可能被当军神来看待。像明初沐英封西平侯，死后追封黔宁王，世代镇守云南，王守仁完全比不过。

后来，明武宗以“威武大将军朱寿”之化名出征，江彬有意释放宁王，让武宗与宁王打一仗并亲自俘获，借此讨好皇上。王阳明对宦官张永动之以情、晓之以理，说明这样做会死更多人。最后协调结果是：让明武宗到了南京，再放出宁王让皇帝俘虏，高兴一下。

平宁王《记功碑》全文：
正德己卯，六月乙亥，宁藩宸濠以南昌叛，称兵向阙。破南康、九江，攻安庆，远近震动。
七月辛亥，臣守仁以列郡之兵复南昌，宸濠擒，余党悉定。当是时，天子闻变赫怒，亲统六师临讨，遂俘宸濠以归。
于赫皇威，神武不杀。如霆之震，靡击而折。神器有归，孰敢窥窃。天鉴于宸濠，式昭皇灵，以嘉靖我邦国。
正德庚辰正月晦，都督军务都御史，王守仁书。从征官属列于左方。