周敦颐生于一官僚地主家庭，年幼丧父，北宋天圣三年（1025），8岁时，母亲带他投靠衡阳舅父郑向(郑家故宅后改为濂溪周氏宗祠，在今南华大学附一医院处)，宋仁宗天圣九年（1031年），周敦颐随其母到京师开封。 1037年郑向调任两浙转运使，周敦颐同母随迁润州丹徒县(今江苏镇江市丹徒区)。郑向见他聪颖好学，便栽培他念书，敦颐知识广泛，博取众家之长，融会贯通，成一家之言。由于任宋仁宗朝中的龙图阁学士的舅舅郑向的推荐，做了分宁县（修水）的主簿，后调任到南安军担任司理参军。

宋仁宗庆历六年（1046年），大理寺丞程珦在南安认识了周敦颐，见他“气貌非常人”，与之交谈，更知其“为学知道”，同他结为朋友，随即将两个儿子程颢、程颐送至南安拜敦颐为师受业。后移桂阳令，徙知南昌，历合州判官、虔州通判。熙宁初知郴州，擢广东转运判官，提点刑狱。后知南康军，治所在今星子县。筑室庐山莲花峰下，前有溪，取营道故居濂溪以名之，遂定居于此，并将原在故里的母亲郑木君墓迁葬于庐山清泉社三起山。周敦颐卒，亦附葬于母亲墓旁。

熙宁六年六月初七（1073年7月24日星期日）病逝，死后神宗赐谥“元”，人称“元公”。弟子程颢、程颐继承和完善了他的思想。后来经过著名学者朱熹的进一步的发展，成为理学。辙是孔子、孟子之后儒学最重要的发展，在中国思想史上的影响深远。《宋元学案》中对于周敦颐的地位有这样的论述："孔孟而后，汉儒止有传经之学。性道微言之绝久矣。元公崛起，二程嗣之，又复横渠诸大儒辈出，圣学大昌。" 《宋史·道学传》:“两汉而下，儒学几至大坏。千有余载，至宋中叶，周敦颐出于舂陵，乃得圣贤不传之学，作《太极图说》、《通书》，推明阴阳五行之理，明于天而性于人者，了若指掌。”

二程兄弟、张横渠、邵雍、司马光五人，再加上周敦颐，被朱熹称为“北宋六先生”。