庄子的哲学思想大体可归纳为以道为实体的本体论、“万物齐一”的相对主义认识论，并由此引发出其独有的主观唯心主义倾向和相对主义诡辩倾向。这种本于自然的人性论与伦理观，为后世的中国知识分子提供了另一种生存方式和价值观念的可能性。庄子的哲学提倡破除“肉身我”与“认知我”，追求超然物外的审美态度，于事于物不着痕迹。阴阳本指事物两种相互对立的方面，“一阴一阳之谓道”（《周易·系辞传》），庄子将之定义为气所包含的矛盾对立要素，“阴阳，气之大者也”（《庄子·则阳》）。

        在庄子哲学中，万物是一个形而上的存在的部分，他将该存在称为生主。这个存在“存在而无实体”，即“有情无形”。它是一切人类行为、情感的“真正主宰者”。因它驱使万物而不受万物驱使，故它是唯一超然于万物的。因为所有其他万物都处于驱使、受驱使的循环之中。唯独它不然。人类作为生主的一部分，将自己投入主观中，使自己无法与该形而上的存在一致。人类希求生主以外的事物，希望成为其他的事物。从而被外物所驱使，成为了受驱使的，从而破坏了生主的超然性。。生主既与万物同时存在，庄子认为作为生主的一部分，人类应当从绝对的分别中抽离出来，并认识到一切的分别都是主观的、虚幻的，这样才可以脱离受外物驱使奴役的境地，保养生主。“道”是宇宙的本体，是一个无限的概念。由“道”而产生了天地万物，“道”本身是万物之源。 “夫道有情有信，无为无形，可传而不可受，可得而不可见，自本自根，未有天地，自古以固存，神鬼神帝，生天生地。”。人如果得 “道”，即获得了无限和自由。

        庄子“道通为一”的思想和近代德日进的哲学思想在把宇宙看成一个有机整体的这一点上是相同的。这种看法比起牛顿把宇宙看成像弹球撞击那样的机械论思想，显然是更近于二十世纪的科学。