朱熹一生，毁誉不一。

黄干《朱子行状》曰：“绍道统、立人极，为万世宗师。”他还总结曰：“继往圣将微之绪，启前贤未发之机，辨诸儒之得失，辟异端之论谬，明天理，正人心，事业之大，又孰有加于此者。”又曰：“自周以来，任传道之意，得统之正者不过数人。而能使斯道章章较著者，一二人而止耳。由孔子而后，曾子、子思日继其微，至孟子而始著。由孟子而后，周、程、张子继其绝，至先生而始著。”

全祖望称朱子学“致广大，尽精微，综罗百代矣。江西之学，浙东永嘉之学，非不岸然，而终不能讳其偏。”

青年时代的毛泽东读朱熹《朱子语类》、《四书集注》时批注说：“贯通大本大源”，“圣人通达天地，明贯过去现在未来，洞悉三界现象”。

钱穆尊崇朱子，始终如一，晚年撰百万言《朱子新学案》，开宗明义即谓：“在中国历史上，前古有孔子，近古有朱子，此两人皆在中国学术思想史及中国文化史上，发出莫大声光，留下莫大影响。瞻观全史，恐无第三人可与伦比。”

徐渭在《评朱子论东坡文》中指责朱熹“只是要人说他是个圣人，并无一些破绽，所以做别人者人人不中他意，世间事事不称他心，无过中比求有过……”

明代小说《二刻拍案惊奇》 〈硬勘案大儒争闲气 甘受刑侠女著芳名〉篇，称宋淳熙壬寅（1182年），朱熹于七月十九日至九月，先后六次给宋孝宗皇帝上奏状，弹劾唐仲友，且逮捕官妓严蕊，试图屈打成招，“两月之间，一再杖，几死。”严蕊宁死不从，并道：“虽然身为贱妓，有太守有滥，罪不至死，然是非真伪，岂可妄言以诬士大夫！”后来，事件闹到皇帝耳里，认为是“秀才争闲气”，吏部尚书郑丙亦称朱熹“近世士大夫所谓道学者，欺世盗名，不宜信用”，将朱熹调任，此案转由岳飞之子岳商卿处理，严蕊无罪开释，除籍从良。今人多对此故事存疑。

满清以后，反理学的态势一度形成。颜元力反程朱的守静与虚学，他说：朱子学术不过是“禅宗、训诂、文字、乡愿四者集成一种人”“如其辟佛、老，皆所自犯不觉”，“率天下入故纸中，耗尽身心气力，做弱人病人无用人，皆晦庵（朱熹）为之也！”又指出：“朱子教人半日静坐，半日读书，无异于半日当和尚，半日当汉儒，试问一日十二时辰，哪一刻是尧、舜、周、孔？”又说：“终日兀坐书房中，萎惰人精神，使人筋骨皆疲软，以至天下无不弱之书生，无不病之书生，生民之祸，未有甚于此者也。”

五四新文化运动激烈批评了程朱理学，认为是封建主义的代表，中国进步的思想障碍。回族人李阳泉宣称朱熹于福建漳州做知府时，曾下令妇女缠足，并令之缠至极小以为“以绝淫风”。但此说法没有文献依据，且宋代并无缠足风气。