朱熹曾在岳麓书院讲学，使书院被誉为“潇湘洙泗”；他也重建了白鹿洞书院，邀请了吕祖谦、陆九渊等学者讲学。朱熹把《大学》重新整理，认为“经一章盖孔子之言，而曾子述之；其传十章，则曾子之意而门人记之也。”

将《论语》跟《孟子》，以及《礼记》一书中的两篇《大学》、《中庸》，合订为一部书，定名《四书》。《四书》遂与《五经》合称为《四书五经》，宋朝以后《四书》的地位逐渐超越传统儒家的《五经》。

朱熹发扬《大学》中的“格物、致知、诚意、正心、修身、齐家、治国、平天下”的思想，成为后世学者必宗的追求。明代学者薛瑄说：“自考亭以还，斯道已大明，无烦著作，直须躬行耳。”清代理学家陆陇其更以朱熹的是非为是非，认为“宗朱子者为正学，不宗朱子者即非正学。……今有不宗朱子之学者，亦当绝其道，勿使并进”。

不过，即使朱熹在学术上被提升到如此崇高的地位，在野史里他也有一些令人非议的事迹。

朱熹相信风水的“山环水抱”、“藏风聚气”之说，他还提出了自己的见解：“卜其宅兆，卜其地之美恶。地之美则神灵安，其子孙盛。”朱熹的学生蔡元定，亦精于风水，二人常相互讨论。朱熹父亲的坟墓曾三次迁移，其母坟（葬于寒泉岭，称“仰天湖穴”）、妻坟、长子朱塾坟（葬于大同山，称“龙湖穴”），自己的坟地（朱熹及其夫人合葬于黄坑九峰山，称“风吹罗带穴”），都是他自己亲自选的。

洪迈《夷坚志》中描述，他在任提举浙东常平茶盐公事的时候，与当时的台州知州，也是著名学者唐仲友起了纠纷，双方并且上奏朝廷互控。朱熹后来得知唐仲友相当欣赏当时江南一带著名的营妓严蕊后，就把严蕊抓起来，试图屈打成招，罗织对唐仲友不利的口供，不料严蕊宁死不屈，朱熹莫可奈何。这件事因为闹得很大，使得后来朱熹和唐仲友双双去职。更有野史《二刻拍案惊奇》认为朱熹是为了争夺严蕊不成才扯出这些风波的，这是反理学的表现。而根据今天学者束景南教授则认为唐仲友确乎有贪污罪行，《夷坚志》中的情节很多是虚构的，但仍未有足够证据证明严蕊之事纯属虚构。

事实上朱熹本人在讼案上，实有极大偏见，他给皇帝上奏书说：“凡有狱讼，必先论其尊卑、上下、长幼、亲疏之分，而后听其曲直之辞。凡以下犯上，以卑凌尊者，虽直不右；其不直者，罪加凡人之坐。”以下犯上，以卑凌尊者，是朱熹本人难以理解的，戴震称此为“以理杀人”。

朱熹所撰的史学著作不多，朱熹及其门人赵师渊编著《资治通鉴纲目》，共59卷。本书不能算是伟大的历史著作，因为朱熹不过是修订了司马光过于主观的正统观，加入了浓厚的道德信念和解释，不承认王莽政权，于三国尊蜀汉为正统。全书以纲目为体，创造了一种新的史书体裁，但是他并没有做原始材料的收集与裁定，所以连一般历史家所作的初步工作也没有。

朱熹的母亲为歙县县城人，父亲朱松曾在歙县城南紫阳山老子祠读书，入闽任政和县县尉自署“紫阳书堂”，以“紫阳”各其居，朱熹亦题名其书房为“紫阳书房”。学者因而称朱熹为“紫阳先生”，称其学派为“紫阳学派”。

《姑苏笔记》有载曾孙朱浚，贾似道柄国时，每有札子禀事，必称“浚万拜”，时人讥刺“朱万拜”。后元兵攻入建寜，朱浚被执不降，曰：“岂有晦翁孙而失节者乎？”遂自杀。