在宗教上，赫拉克利特和比他稍早的色诺芬尼一起反对传统宗教，但赫拉克利特主要是反对传统的宗教祭神仪式，反对偶像崇拜。赫拉克利特也承认神，但他所说的神，就是指永恒的活火，指逻各斯，指最高的智慧。因此他又是最早把宗教哲学化，将宗教的神改造成为理性的神，从而使哲学摆脱宗教走出了一大步。但因为他不可能也没有划清哲学和宗教的界限，所以到后期希腊罗马哲学时期的斯多葛学派和基督教教义哲学，又将他的逻各斯和火解释成为宗教的神，使他的哲学为宗教教义服务，即使宗教哲学化，又将哲学拉回到宗教。