1923年冯友兰论文答辩后即取道加拿大归国，初任中州大学（今河南大学）哲学系教授兼文科主任、哲学系主任。1925年秋任广州中山大学教授兼哲学系主任，年底北上。1926年任燕京大学教授。1928年秋转任清华大学教授兼哲学系主任，翌年再兼任文学院院长。

        1931年和1934年出版《中国哲学史》上下两卷，大力推崇儒学在中国哲学史上的独尊和正统地位。

        1934年冯友兰获邀出访捷克及苏联，回国后分别就苏联见闻及历史唯物主义作两次演讲，因此触怒国民党当局，遭逮捕审讯，但不久即获释。事后冯迅速向国民党靠拢，不久即加入国民党，并与1935年当选中国国民党第五次全国代表大会代表。

        1937年中日战争全面爆发，冯遂随清华大学迁往长沙，又旋即再迁昆明，任职于西南联大，仍为哲学系教授兼文学院院长。因迁徙期间国民党籍关系中断，1939年冯再次加入国民党。居昆明期间，冯先后出版《新理学》（1939年）、《新事论》（1940年）、《新事训》（1940年）、《新原人》（1943年）、《新原道》（1944年）、《新知言》（1946年），合称“贞元六书”，继续推崇儒家道统，发展巩固其儒学思想，也切合当时国民党新生活运动。任教西南联大期间，冯与国民党高层往来密切。1942年起数次前往重庆为国民党干部授课。1943年以西南联大党部名义，致函蒋介石望其“收拾人心”，蒋阅信“为之动容，为之泪下”。1945年中国国民党第六次全国代表大会上冯被选为主席团成员。召开前夕，列入朱家骅与陈立夫联名向蒋介石推荐的98名“最优秀教授党员”之一。

        1946年抗战胜利，西南联大解散，清华大学返回北平，冯应美国宾夕法尼亚大学邀请，任客座教授一年，集结其间讲稿出版《中国哲学简史》。1948年回国后仍担任清华大学教授，哲学系主任和文学院院长，后又当选中央研究院首任院士（人文及社会科学组）及中央研究院评议会第三届评议员。