1949年10月1日中华人民共和国成立，10月5日冯即致信毛泽东自称“过去讲封建哲学，帮了国民党的忙，现在我决心改造思想，学习马克思主义”，毛在回信认定了冯“过去犯过错误”，并告诫其“总以采取老实态度为宜”，冯遂向清华大学辞去院长和系主任职务，并与1950年一段时间内被派往农村参加土改运动工作。1952年被调至北京大学哲学系。中华人民共和国成立后，冯多次检讨自己历史问题，在国内外数次公开表示新理学是“与马列主义毛泽东思想为敌”，是“反人民”，是“要人一心一意拥护当时半封建半殖民地的社会和国民党政权”，“我过去的著作都是没有价值的”，并“对40年代所写的几本书忏悔”。并经常做出配合政治形势的举动，如“寻找一些马克思主义的词句，努力运用”而相继写出了《中国哲学史新编》第一二册；1955年参加批判胡适和梁漱溟的政治活动；1962年第三届全国政协第二次会议后向毛泽东献诗“怀仁堂后百花香，浩荡春风感众芳”。

        1966年“文革”开始，冯被抄家关入“牛棚”，1968年离开“牛棚”。1973年批林批孔运动中，冯友兰出任四人帮掌握的“梁效”写作班子顾问，“从旧营垒里冲杀出来，给了孔丘一个回马枪”，相继发表《对于孔子的批判和对于我过去的尊孔思想的自我批判》和《复古与反复古是两条路线的斗争》等文章，均得《光明日报》全文转载。后又著《论孔丘》一书，为江青集团效力。这些书文中，冯称自己1949年以前的尊孔思想是“为大地主大资产家，特别是为国民党反动派的统治服务的”，1949年以后则是“为刘少奇，林彪反革命的修正主义路线服务的”，认为自己能参加批孔运动是一种“更大的幸福”，一代儒学名家“竟以批孔鸣于时”。冯积极向江青靠拢，然1976年四人帮失势，梁效写作班子遭彻底清算，冯亦遭长时间关押审查。