胡道静先生称，“朱熹是历史上一位有相当成就的自然科学家。”李约瑟对朱熹在自然科学方面的工作和成就也相当肯定的。他说：“朱熹是一位深入观察各种自然现象的人。”并对朱熹在解释雪花何以呈六角形时将雪花与太阴玄精石的比较予以高度评价，称之“预示了后来播云技术的发展”。李约瑟还认为“朱熹是第一个辨认出化石的人”，比西方早出四百多年。

即便如此，缺乏数学训练的朱熹正如黄仁宇所言：“如是理学家或道学家所谈及的很多事物（抽象之事与具体之物混为一谈），只能美术化的彼此印证，不能用数目字证明。”“其结果则有如李约瑟之所说，朱熹在没有产生一个牛顿型的宇宙观之前，先已产生了一个爱因斯坦型的宇宙观。”许多学者认为中国古代自然观特别是阴阳五行学说妨碍科学的进步。中国自然哲学家在解释现象时，往往求助这种自然哲学，例如：电被解释为，“阴阳相激为电”；地震被认为是“阳伏而不能出，阴迫而不能蒸”。于是经验主义和神秘主义的极端形式，贯穿整个古代中国科学理论体系。