朱熹早年对佛教甚感兴趣，时常礼佛，研修佛学，遇到李侗后，则尽弃佛学，回归儒家。朱熹崇拜孔子，常常祭孔，一生功业大事，每次到任离任，都会祭孔禀告，此外也奉拜伏羲。朱熹相信祈祷可以感应上天，曾多次祷雨，甚至设醮祈禳，认为祷雨无效，是因为不够诚心。

成年后，朱熹坚决排佛，视作异端，痛加抨击。他觉得佛教有伤风化，不赞同佛教丧葬仪式，坚决反对火葬。在漳州任官时，曾禁止妇女出家，不许寺院日夜聚集信众，也禁止以祈福为名敛财。但是他日常则亦与僧人交往，吟诗酬唱，没有门户之见。

朱熹相信鬼神存在，但平常不肯进入庙宇，认为不合义理。朱子也请人看风水，但不迷信，也用《易经》占卜求筮。1195年，朱熹曾撰万言奏疏，声援被贬的赵汝愚，弟子极力劝阻，以免得罪韩侂胄，结果朱熹依照了占卜结果，放弃上书。